深远海大科学设施建设领导小组在学校党委统一领导下，承担建设管理领导职责。由学校主要领导担任组长，分管校领导担任副组长，科技、学科、规划、人事、财务、资产等职能部门负责人作为小组成员，实施领导小组指导下的多部门联合协同工作机制。
深远海大科学设施指挥部负责项目建设的统筹协调，总指挥由校长兼任，设执行总指挥、常务总指挥和副总指挥，成员包括首席科学家、总工程师、总工艺师、总经济师和总质量师等。
深远海大科学设施指挥部办公室作为学校直属二级单位，负责项目的日常建设管理与组织协调工作，主要承担领导小组和指挥部交办的建设任务，组织建设工程中的关键技术攻关等。
下设综合事务部、平台技术部、招采资产部、工程协调部、质量管理部。
深远海科学与工程研究院是学校的直属研究平台，在设施建设期委托指挥部办公室管理，将探索“边建设、边科研、边产出”的有组织科研新范式，解决远海浮动岛大科学设施“建好”与“用好”的有效衔接，推动设施建设与科学研究、人才培养、产业应用深度融合，在深海工程装备、深海资源开发、深海探测手段、深海科学研究等方向系统布局。
